血液オゾン療法の副作用の心配はありませんが、起こる可能のある副作用としては、軽度な倦怠感、注射に伴う内出血等があります。
また、アトピー性皮膚炎、全身性エリテマトーデスの患者さんは症状が悪化することがありますので、オゾンの量を低容量で治療します。
抗凝固剤を服用されている方は、薬の調整が必要となりますのでお伝えください。

未承認医薬品等であることの明示、入手経路等の明示

本治療に用いる未承認医療機器は、医薬品医療機器等法上の承認を得ていないものですが、「医師等の個人輸入」により適法な輸入許可を得ています。 日本では、未承認医療機器を、医師の責任において使用することができます。

本治療に使用できる同一の性能を有する他の国内承認医療機器はありません。

本治療に使用するオゾン発生器、その専用器具はEU内における医療機器として認証されたものです。（承認年月日：1993年6月14日）
本治療の代表的な書籍とされている「オゾン療法　第2版」によりますと、以下の記載がされています。
血液クレンジングは「大量自家血オゾン療法」または「自家血オゾン療法」と表記されています。
第7章（オゾンの潜在的な毒性：オゾン療法の副作用および禁忌）より
1. ドイツ，オーストリア，スイス，イタリアで数百万回の自家血オゾン療法セッションが行われた後にも，重篤な急性または慢性の副作用や癌の発生率の増加は報告されていない．
2. これまでのところ，我々の実験データと臨床的エビデンスは何らリスクを示していない．Jacobs（1982）は，オゾン療法に考えられる全ての悪影響について慎重に調査した．オゾンは「毒性」で知られているにも関わらず，その発生率はわずか0.0007％であり，医薬品の中でも非常に低い値となっていた．
3. コネリアーノ（ヴェネト州）の病院に長く勤務してきた非常に几帳面なオゾン療法士であるGiuseppe Amato医師は，自家血オゾン療法による治療を数年間受けた患者1,000例で軽度の副作用しかなく，後遺症はなかったことをヴェローナ議会（1999）で報告した．
4. シエナ大学病院での我々の経験も重要である．我々は1995年以来，大量自家血オゾン療法を加齢黄斑変性患者で約8,000回，線維筋炎患者で約100回（～その他の投与方法は省略 ～）をしてきている．（～略～）2000年6月から2004年3月まで我々は，新しい無毒なシステム（ガラス等）と血液に対して正確な量の3.8％クエン酸Na（用量で1：9，又は25～225mL若しくは例外的に30～270mL）を使用し，オゾン濃度を緩やかに増加（通常10 μg/mLから60μg/mLまで）させるようにした．上に述べたすべての副作用はみられず，他の副作用も生じなかった．さらに，アレルギー様の不耐性も観察されなかった．

• 甲状腺機能亢進症で、治療が不十分の方：血圧が急激に低下することがあるため
• G6PD欠損症：高濃度のオゾンとの接触により溶血が起こる可能性がある
• 出血中・出血傾向のある方：血小板減少症、消化管出血
• 急性心筋梗塞、脳梗塞の急性にある方
• 妊婦の方
• 血管（静脈）が細く、血液の採取が困難な方